Позднее, в 1253 году Ярослав Ярославович был приглашен на княжение во Псков, а в 1255 году – в Новгород. Причем новгородцы «выгнаша вон» своего прежнего князя Василия – сына Александра Невского. Но Александр, вновь посадив в Новгороде Василия, жестоко наказал дружинников, не сумевших защитить права его сына – они были ослеплены. Новый золотоордынский правитель хан Берке (с 1255 г.) ввел на Руси общую для покоренных земель систему обложения данью. В 1257 году в Новгород, как и другие русские города, были направлены «численники» для проведения подушной переписи населения. Это вызвало возмущение новгородцев, которых поддержал князь Василий. В Новгороде началось восстание, продолжавшееся около полутора лет, в течение которых новгородцы не подчинялись монголам. Александр казнил наиболее активных участников волнений. Василия Александровича заключили под стражу. Новгород был сломлен и подчинился приказу посылать дань в Золотую Орду. Новым новгородским наместником с 1259 года стал второй сын Александра Невского князь Дмитрий Александрович.
В 1262 году вспыхнули волнения в суздальских городах, где были перебиты ханские баскаки и выгнаны татарские купцы. Чтобы умилостивить хана Берке, Александр Невский лично отправился с дарами в Орду. Хан удерживал князя подле себя всю зиму и лето; только осенью Александр получил возможность вернуться во Владимир, но по дороге занемог и 14 ноября 1263 года в Городце скончался. Тело его было погребено во владимирском монастыре Рождества Богородицы. Александр Невский был единственным православным светским правителем не только на Руси, но и во всей Европе, который не пошел на компромисс с католической церковью ради сохранения власти. Ему удалось «отмолить» у монгольского хана русские дружины от участия в походах и завоеваниях в составе монгольских войск.
Совместно с митрополитом Кириллом Александру Невскому удалось учредить в столице Золотой Орды Сарай-Бату Православную Сарскую (Сарайскую) епархию.
При участии его сына Дмитрия Александровича и митрополита Кирилла была написана житийная повесть, получившая широкое распространение в более позднее время (сохранилось 15 редакций).