Реализация модульного принципа построения курса позволяет не только интенсифицировать усвоение учебного материала и выйти на качественно новый принцип контроля и самоконтроля за данным процессом. Пошаговая проработка модульного материала позволяет также четко определить те проблемы и вопросы, по которым у обучаемого возникли пробелы, некорректное их понимание и, соответственно, педагогу переакцентировать внимание к данной проблематике, а при необходимости скорректировать методы и формы изложения определенных вопросов и проблем.
Структура модулей новой учебной дисциплины достаточно наглядно определяется наличием трех взаимосвязанных блоков: 1. Общие проблемы философии науки; 2. Философские проблемы областей научного знания; 3. семинарские занятия с аспирантами и соискателями. Общий объем часов по «Философии науки» – 68 аудиторных часов, включая лекции, семинары и другие виды практических занятий. Изучение лекционного материала дисциплины должно быть подкреплено семинарскими занятиями, на которых наряду с теоретическими проблемами необходимо изучение наиболее важных, «классических» первоисточников по истории и философии науки.
Сосредоточение философии на проблемах философии науки и объединение ее с историей конкретных наук при подготовке аспирантов не только не исключает, но подчеркивает значимость философии как специальной науки социально-гуманитарного блока. Философия вводит студента (бакалавра, магистранта, а затем аспиранта) в круг тех вечных проблем, которые составляли содержание философии на протяжении ее многовекового развития. Именно здесь рождались те философские проекты и философские понятия, которые подготавливали развитие новых научных направлений, целые революции в естественнонаучном и гуманитарном познании. Кроме того, эти так называемые вечные вопросы имеют непреходящее рефлексивно-антропологическое значение: они способствуют формированию личностного и гражданского сознания и самосознания. При этом на всех этапах изучения философии она обязана сохранить за собой значение теоретической пропедевтики, т. е. вводя слушателя в мир понятий и концептов и обучая аспиранта основам теоретического мышления.