Можно утверждать, что философия науки всегда в своем историческом развитии обращалась к анализу структуры динамики знания конкретных наук. Но вместе с тем она ориентировалась на сравнение разных научных дисциплин, на выявление общих закономерностей их развития. Как нельзя требовать от биолога, чтобы он ограничил себя изучением одного организма или одного вида популяции животных, так нельзя и философию науки лишить ее эмпирической базы и, возможно, сравнений, сопоставлений.
В течение продолжительного времени в философии науки в качестве образца для исследования структуры познания выбиралась математическая дисциплина. Но в математике отсутствует ярко выраженный слой эмпирических исследований, и поэтому, анализируя математические тексты, трудно выявить те особенности строения и функционирования теории, которые связаны с ее отношением к эмпирической базе. Поэтому философия науки, особенно с конца XIX в., все больше ориентируется на анализ естествознания, которое содержит многообразие различных видов теорий и развитый эмпирический базис.
Представления и модели динамики науки, выработанные на этом историческом материале, могут потребовать корректировки при переносе на другие науки. Но развитие познания, как известно, так и осуществляется: идеи и знания, выработанные и проверенные на одном материале, затем переносятся на другую область познания и видоизменяются, если будет обнаружено их несоответствие новому материалу исследований. Довольно часто можно встретить утверждение, что представления о развитии знаний при анализе естественных наук нельзя переносить на сферу социально-гуманитарного познания.