В 1632 году, в возрасте 16 лет Кульпепер по желанию матери и деда попадает в Кембриджский университет для изучения теологии, но вместо теологии он стал посещать лекции по медицине. Тем не менее, Кульпеперу не было суждено получить университетское образование. Его уход из этого уважаемого учебного заведения был связан со скандальной и трагической историей.
Николас решил жениться на Джудит Риверс, с которой был знаком ещё с детства. Зная, что семья Джудит не даст согласия на брак, молодые решили бежать. Они планировали тайно обвенчаться, а затем жить в Нидерландах, пока не закончится семейная вражда. Но по дороге к возлюбленному в карету Джудит ударила молния, девушка погибла.
Это трагическое событие стало поворотной точкой в жизни Кульпепера. Он погрузился в глубокую меланхолию и долго вёл жизнь затворника. Его мать также была глубоко поражена случившимся и вскоре после этого умерла, так и не оправившись от шока. Дед был крайне разгневан на внука, и, в конце концов, Николас был изгнан из семьи своей матери. После такого он уже не мог вернуться в университет ни для изучения теологии, ни для изучения медицины. Официально и карьера священника, и карьера врача были для него закрыты.
Кульпепер поступил в ученики к аптекарю. Он взялся за изучение аптекарского дела с большим энтузиазмом и очень быстро стал в нём достаточно сведущ, чтобы после смерти своего патрона взять дело в свои руки.
Однажды, в ноябре 1635 года Кульпепер посетил Вильяма Лилли, который предложил обучить его астрологии. Николас принял предложение. Он был очарован астрологией, а особенно возможностью связать астрологию и медицину.