Не найдя ни в науке, ни в философии удовлетворительного ответа на этот вопрос, он поступает в Психо-Неврологический институт в Петрограде. Но и здесь его постигло разочарование. Не окончив его, он ушел из института. Наступил окончательный духовный кризис. Борьба была столь тяжелой, что стала приходить мысль о самоубийстве.
И вот, однажды, летом 1915 года, когда Николай впал в состояние близкое к полному отчаянию, у него как молния промелькнула мысль о детских годах веры: а что, если действительно Бог есть? Должен же Он открыться! И Николай, неверующий, от всей глубины своего существа обратился: «Господи, если Ты есть, то откройся мне! Я ищу Тебя не ради познания мистических тайн, не ради достижения каких-то земных, корыстных целей. Мне одно только надо: есть Ты или нет Тебя?» И… Господь открылся.
«Невозможно передать, – рассказывал батюшка, – то действие благодати, которое открылось и которое убедило в существовании Бога с силой и очевидностью, не оставляющей ни малейшего сомнения. Господь открывается так, как, скажем, после мрачной тучи вдруг просияет солнышко: ты уже не сомневаешься, солнце это или фонарь кто-нибудь зажег. Господь так открылся мне, что я припал к земле со словами: «Господи, слава Тебе, благодарю Тебя! Даруй мне всю жизнь служить Тебе! Пусть все скорби, все страдания, какие есть на земле, сойдут на меня – даруй мне все пережить, только не отпасть от Тебя, не лишиться Тебя»
Так совершился поразительный переворот в его душе, произошло потрясающее чудо, которое явилось прямым ответом на искренний вопль молодого человека.
В 1917 году он поступает в Московскую Духовную Академию. Но через год ее закрывают. Затем в Вышнем Волочке он преподает математику в средней школе, откуда его увольняют за отказ работать на первый день Пасхи. После этого он переезжает в Москву и устраивается псаломщиком в Борисоглебском храме, откуда вместе с настоятелем Феофаном (Семеняко), возведенном в сан епископа, переехал в Минск. Там 23 марта (ст. ст.) 1931 г. принимает монашеский постриг с именем Никона и рукополагается в иеродиакона и иеромонаха тем же епископом. В 1933 г. 23 марта (в день пострига) о. Никон был арестован и сослан на каторгу на пять лет строить Комсомольск-на-Амуре. Там он пережил ад. Чудом, по его словам, вследствие зачета рабочих дней, был освобожден в 1937 году