Наиболее распространенная и авторитетная этимологическая версия связывает происхождение имени с праславянским корнем, означающим «мокнуть», «быть влажным». Эта интерпретация получила поддержку ведущих славистов и лингвистов, которые считают ее бесспорной. Суффиксальное образование от корня с суффиксом создает основу для понимания богини как «мокрой», что прямо указывает на ее связь с водной стихией. Подобный словообразовательный тип встречается в таких русских словах, как «пустошь», «ветошь», где суффикс создает атрибутивные существительные. Данная этимология объясняет тесную связь Макоши с источниками, колодцами, дождем и всеми проявлениями водной стихии в природе.
Параллельно с «водной» этимологией существует не менее интересная версия, предложенная выдающимся археологом и историком, согласно которой имя богини состоит из двух компонентов: «ма», означающего «мать», и «кош», понимаемого как «жребий» или «судьба». Такое толкование дает нам «Мать судьбы» или «Мать жребия», что прекрасно согласуется с основными функциями богини как пряхи человеческих судеб. Глубокая индоевропейская древность корня «ма» (мать) придает этой версии особую весомость, поскольку указывает на архаические истоки почитания женского божественного начала у славян.
Развитием той же этимологической линии является интерпретация второго компонента «кош» не как «жребий», а как «корзина», «дом», «жилище». В пользу такого понимания говорят многочисленные лингвистические параллели: у запорожских казаков «кошем» называлась станица или селение, а их предводитель именовался «кошевым». Архаичный корень «кош» прослеживается в целом семействе слов, связанных с хранением и достатком: «кошель», «кошти» (украинское «материальные блага»), «кошик», «кошница», «кошова». Все эти слова объединяет семантика плетеной корзины, добротности, пригодности для хозяйственных нужд. При такой интерпретации Макошь предстает как «Мать дома», хранительница домашнего очага и семейного благополучия.