Некоторые современные учёные утверждают, что процесс был политическим и что «победившая» в IV веке ортодоксальная ветвь христианства целенаправленно исключила другие тексты, чтобы утвердить свою власть и доктрину. Однако даже с этой точки зрения, книги, вошедшие в канон, являются наиболее древними, исторически достоверными и теологически последовательными источниками о жизни Христа и учении апостолов. Канонические книги либо напрямую были написаны апостолами (очевидцами Христа), либо их ближайшими сподвижниками (Марк – спутник Петра, Лука – спутник Павла). Церковь доверяла не «любой книге о Христе», а только свидетельству тех, кто был с Ним непосредственно или кто получил учение из первых рук.
Решение о каноне было не человеческим «отбором», а церковным распознаванием тех книг, которые с самого начала были признаны богодухновенными благодаря апостольскому авторитету, содержанию и всеобщему употреблению. В 367 году Афанасий Великий в своём Пасхальном послании впервые перечислил ровно 27 книг Нового Завета, которые мы знаем сегодня. Немного позже в 393—419 гг. Карфагенские соборы официально утвердили этот список из 27 книг для всей Западной церкви.
Разница в количестве книг Ветхого Завета у православных (50), католиков (46) и протестантов (39) объясняется не ошибкой, а выбором разных конфессий авторитетного источника перевода. Православие сохранило канон первоначальной Церкви. Апостолы и первые христиане пользовались Септуагинтой (греческий перевод III—II в. до н.э.), на это ссылаются авторы Нового Завета. Православная Церковь никогда не пересматривала этот канон, считая его боговдохновенным и полноценным наследием эллинистического иудаизма, из которого вышла Церковь. У католиков канон Ветхого Завета практически такой же, а вот у протестантов различие существенное. Они решили оставить в Ветхом Завете только те книги, что есть в еврейском (масоретском) каноне. Книги Септуагинты они переместили в отдельный раздел под названием «Апокрифы» и считают их полезными для назидания, но не богодухновенными и не имеющими доктринального авторитета. Поэтому в протестантских Библиях 39 книг в Ветхом Завете.