От монахов требовал исполнительности и повиновения. Во время церковной службы один из братии обходил присутствующих и будил уснувших. Другой наблюдал, кто когда приходит в церковь. Поздно пришедшие должны были давать отчет. Строгая тишина во время трапезы. После повечерия не дозволялось никаких бесед, и запрещалось также говорить «холодные слова мое, твое». В Лавре был создан знаменитый «афонский устав» X века, послуживший образцом и для афонских монастырей, и впоследствии частию для русских.
К борьбе со скалами, природой, демонами прибавлялась и борьба с людьми. У святого оказалось множество врагов. Большинство безмолвников («исихастов») Афона ненавидело его. Пустынники считали, что устройством великолепного монастыря, всеми банями, больницами, водопроводами и виноградниками он нарушает дух Афона. Его, не знавшего ни устали, ни минутного покоя, все могучие силы отдавшего творчеству, изображали чуть ли не афонским помещиком. Крепко сжимался, вероятно, иногда в руке св. Афанасия железный посох! Вот – плод многолетних трудов – дневных на постройках и по управлению, ночных на молитве: еще не так давно показывали в его [келии] келлии, рядом с библиотекой, на мраморном полу следы коленопреклонений. Враги жаловались на него Иоанну Цимисхию, позже Василию. Были попытки убить его. Но одолеть, свалить св. Афанасия было тогда так же трудно, как теперь срубить один из двух могучих кипарисов у Лаврского Собора, некогда посаженных преподобным. Афанасию пришлось ездить в Византию, принимать в Лавре присланного для разбора дела игумена – доказывать, убеждать и оправдываться. Он сделал все это и победил.