В высших классах основой занятий служила философия Аристотеля. В течение первого года трехгодичного курса философии изучались логические труды и «Этика» Аристотеля. Второй год был посвящен географии, математике и физике. По курсу физики читали «Физику» Аристотеля, его книги «О небе и мире», «О происхождении и уничтожении». Трехгодичный курс заканчивался овладением аристотелевской метафизикой. Полный цикл занятий завершался четырьмя годами, посвященными теологии. В процессе всего обучения религиозному воспитанию было отведено самое видное место. В учебном плане конгрегации иезуитов говорится, что «религия должна быть основой и завершением, центром и душою всякого воспитания».
Однако для исполнения этого замысла иезуиты избрали не совсем соответствующие, можно даже сказать, противоположные ему средства, внешние достижения предпочитая внутренним преобразованиям. Так, например, основным стимулирующим средством обучения было соревнование, победители диспутов отмечались внешними знаками отличия – торжественным распределением призов, лентами, медалями и т. д. «Пусть, – говорится в одном из учебных наставлений иезуитов, – ученик не отвечает своего урока в одиночку, пусть у него будет соперник, готовый его критиковать, торопить, опровергать, наслаждаться его поражением… Устраивайте состязания, выбирайте борцов, назначайте судей… Лавры, приобретенные в качестве награды за труд, можно выставить напоказ в каком-нибудь видном месте…». Отличившиеся в диспутах и достойном поведении сидели на почетных местах, им присваивались особые школьные звания (цензоров, преторов, декурионов) или имена греческих и римских героев; отстающие же ученики располагались на позорной скамье («адской лестнице»), получали различные прозвища («дурацкий колпак», «ослиные уши» и т. д.). Это поощрение неравенства и разделенности в школьной среде, закрепляемых внешним успехом или поражением, усугублялось еще и тем, что отцы-иезуиты иногда использовали учеников для шпионства: случалось даже, что они обещали мальчику простить его проступок, если он поймает своего товарища на аналогичном промахе. Подобная практика развивала зависть и гордыню, честолюбие и эгоистические мотивы действий.