Цель трактата – «отделение религии от философских умозрений» ради защиты свободы мысли. Предназначение религии состоит в поддержании житейской морали и общественного порядка; философия же ищет истину и смысл жизни. Смешение этих двух глубоко различных по сути своей занятий обрекает философов на «ослепление духа», а религиозных людей толкает к раздорам и ересям, утверждал Спиноза. (Однако и сегодня немало тех, кто считает его самого религиозным философом.)
Спиноза наотрез отказывает религии и теологии в праве на вход в «царство истины». Религиозная вера проистекает из неадекватного знания о мире, из «воображения», и не имеет ничего общего с разумом и «разумной любовью к Богу». Священное Писание приспособлено к аффектам и «предвзятым мнениям толпы». Оно «содержит не возвышенные умозрения и не философские вопросы, но вещи только самые простые, которые могут быть восприняты и последним тупицей». Что же это за вещи? Книга книг учит честности и скромности, состраданию и любви к ближнему. Она апеллирует к воображению и страстям, ибо ее целевая аудитория не горстка философов, а простой народ. Мало кто стремится к добродетели, руководствуясь чистым разумом. «Толпе» требуется для этого воображаемый Господь Бог – всевидящий небесный судия, милостивый и грозный. Таким его и рисует Писание, из коего «проистекает великое утешение для тех, кто небогат умом, и следует немалая польза для государства».
Никто прежде не препарировал Библию рукой ученого, ни слова не принимая на веру, но превосходно зная ее историю и язык. «Богословско-политический трактат» принес Спинозе славу «князя атеистов» (Atheorum Princeps), а вместе с ней – запреты и проклятия христианских церквей.
Поселившись в Гааге, Спиноза возобновил работу над своим главным трудом – «Этикой, доказанной в геометрическом порядке». Тем временем в 1672 году республиканское правительство Нидерландов было свергнуто, а его лидеры, братья де Витт, убиты и разорваны на части толпой. Церковные власти ужесточили атаки на вольнодумцев, и Спиноза вновь отложил публикацию «Этики».