Еще в Амстердаме вокруг Спинозы сложился философский кружок, где обсуждались его первые сочинения. Сохранились две его ранние работы – «Трактат об усовершенствовании интеллекта» и «Краткий трактат о Боге, человеке и его счастье». Оба трактата остались незавершенными, причем последний дошел до нас в голландском переводе с латинского и был обнаружен лишь в середине XIX века.
В Рейнсбурге, наряду с регулярными занятиями философией и оптикой, Спиноза ставил химические опыты и практиковался в анатомии, особенно интересуясь устройством мозга у животных. В это время он знакомится с секретарем Лондонского королевского общества Генрихом Ольденбургом, вступая в многолетнюю переписку с ним и другими учеными мужами.
Пару лет спустя, уже в Воорбурге, Спиноза по просьбе своих амстердамских друзей написал на латинском языке небольшую работу «Начала философии Декарта, части I и II, доказанные геометрическим способом». Метафизика Декарта излагалась по образцу Евклидовых «Начал»: от дефиниций и аксиом – к теоремам с доказательствами и следствиями. В Приложении Спиноза поместил собственные «Метафизические мысли», в которых критически развивалась Декартова философия. Эта книга – единственная, которую он подписал своим именем, – увидела свет в 1663 году. Годом позже вышло исправленное и несколько расширенное издание на голландском.
К лету 1665 года написан первый вариант «Этики», и Спиноза принялся обсуждать возможность ее перевода на голландский язык. Издание, однако, было отложено, и он приступил к работе над «Богословско-политическим трактатом». Книга вышла в 1670 году без указания имени автора, на титульном листе значилось несуществующее гамбургское издательство. Несмотря на эти предосторожности, авторство Спинозы было вскоре установлено, а книга запрещена.