После утомительного путешествия по аравийской пустыне они достигли священного Синая. Проведя здесь несколько времени в подвигах молитвы и богомыслия, они обошли пустыни Синайскую, Фаран, Раиф и, встречаясь с великими старцами, собирали сведения о великих подвижниках ужасных пустынь. Наконец, путники через Клизму на берегу Суэцкого перешейка прошли в Египет и явились в Александрии около 607 года, в патриаршество Иоанна Милостивого. Иоанн Мосх уже хорошо знаком был с положением дел в Александрийской Церкви, волнуемой различными ересями. Патриарх с радостью принял просвещенных и благочестивых гостей, которые оказались его ревностными помощниками в борьбе с еретиками. В жизнеописании Иоанна Милостивого епископ Кипрский Леонтий весьма сочувственно отзывался о плодотворных трудах Мосха и Софрония: «По его (патриарха) желанию, Бог послал ему мудрых и достопамятных мужей Иоанна и Софрония. Они были для него верными советниками, которым внимал он, как отцам, и благодарил их, как мужественных воинов, подвизавшихся за благочестие и веру. Руководимые Духом Святым, они мудро боролись с северианами и другими нечестивыми еретиками. Много скитов, храмов и обителей они исторгли из пасти этих зверей, подобно добрым пастырям. Этим-то они и заслужили особое уважение патриарха».
В Александрии Софроний принял иночество, к которому долго готовился под руководством своего мудрого наставника. С радостным настроением духа отрекался высокообразованный Софроний от мира и всецело посвящал себя на служение Господу. О тогдашнем строе души его красноречиво говорит нам знаменательное сновидение. «Я видел, – говорил Софроний, – как на пути передо мною девы, составив хор, радостно приветствовали меня, восклицая: «Как мы рады приходу твоему, Софроний! Какого венца сподобился ты, Софроний!!.»