После дарования свободы совести в 1905 г. жизнь федосеевской общины вновь оживилась. 1 августа 1905 г. на Преображенском кладбище был слышен первый разрешенный колокольный звон. В 1912 г. состоялась закладка больничного корпуса (архитектор Л. Р. Кекушев), который вскоре был выстроен крупным подрядчиком, членом общины М. М. Малышевым за полцены (по смете цена строительства определялась в 70 000 руб.).
После 1917 г. единоверческий монастырь распался, и в 1922 г. его храмы попали в руки обновленцев. Не найдя средств на их содержание, они оставили за собой западный Никольский придел Успенского храма, а центральную его часть продали староверам поморского согласия, изгнанным из своего храма в Токмаковом переулке.
В 1934 г. НКВД арестовал наставника федосеевской общины, но перед самым своим арестом тот успел тайно благословить своего преемника. Девять лет (до 1943 г.) духовный отец федосеевской Преображенской общины действовал подпольно.
С момента основания Преображенской федосеевской общины в ней с необыкновенной точностью исполнялся богослужебный устав. Никакие упущения в совершении служб не допускались. Так же строго соблюдался и временной порядок богослужений. О всенощных бдениях здесь всегда держались понятия в самом строгом, буквальном смысле слова – это богослужение, которое продолжается всю ночь и заканчивается утром. Сообразно с этим и всенощная служба начиналась не ранее 11 вечера, а заканчивалась часов в 5 или 6 утра. Всеми признавалось, что даже знаменитые староафонские монастыри не исполняют службу с такой точностью, как старообрядцы Преображенского кладбища. Однако в 1910-х гг. стал допускаться для заказных всенощных иной порядок, а именно: начало их приходилось на восемь часов вечера. Ныне же всенощные совершаются полностью вечером.