В 1816 г. из-за выборов новых попечителей Преображенского кладбища возник сильный внутренний раздор. Образовались две партии. Дело тянулось четыре года, наконец, в него были вовлечены власти. Дошло до императора Александра I, который выразил «гневное» неудовольствие относительно раздора и некоторых сторон вероучения федосеевцев (безбрачие, немоление за царя и пр.). Это послужило умалению гражданских прав кладбища и стало началом последующих репрессий правительства по отношению уже ко всему старообрядчеству.
В 1847 г. Николай I насильственно подчинил Преображенский богаделенный дом гражданским властям (с 1853 г. – Императорскому человеколюбивому обществу). Деревянные жилые постройки и больничные палаты были частично сломаны, а оставшиеся закрыты. В марте 1854 г. у федосеевцев отобрали Успенскую соборную часовню на мужской половине и передали единоверцам, а в 1866 г. вся мужская половина была передана Никольскому единоверческому монастырю. С тех пор центром московских федосеевцев неизменно остается Крестовоздвиженская часовня на бывшей женской половине (остальные шесть моленных на женской половине отобраны в 1920-х гг.). Главных руководителей кладбища репрессировали одного за другим: настоятеля Семена Кузьмина сослали в Полтавский монастырь, наставников Георгия Гавриловича – в Вятку, Андрея Ефимовича – в Харьков, попечителей Ф. А. Гучкова – в Петрозаводск, К. Е. Егорова – в Пензу.
3 октября 1883 г. был издан закон, предоставлявший некоторые права старообрядцам в их религиозной жизни. С 15 по 18 августа 1883 г. на Преображенском кладбище состоялся съезд 180 наставников. К концу XIX в. в Москве действовало около 17 федосеевских (в основном домовых) моленных, из них на кладбище – семь (в них состояло более 200 певцов и певиц). В главной соборной моленной кладбища служба совершалась повседневно.