Властолюбие и гордость Никона, стремившегося стать в православном мире тем же, кем в мире западном был римский папа, вскоре привели его к разрыву даже с поддерживавшим его царем Алексеем Михайловичем, и в 1658 г. он самовольно оставляет патриарший престол, бросая таким образом свою паству на произвол судьбы. Никон думал, что его будут упрашивать вернуться назад, но царю и его окружению он уже был не нужен. «Мавр сделал свое дело» – маховик реформы был запущен.
С устранением от церковных дел Никона ситуация в Русской Церкви не улучшилась. Новый собор 1666—1667 гг. с участием заезжих восточных патриархов, которые, как оказалось впоследствии, сами уже давно были низложены со своих престолов собором епископов и поэтому не имели никакого канонического права решать русские церковные дела, осудил и Никона, и старые обряды. Вся многовековая традиция русской святости была поругана и предана проклятиям. Чтобы заставить русский благочестивый народ принять новую веру и новые книги, собор, прозванный в народе «разбойничьим», благословлял подвергать ослушников соборных определений тягчайшим мучениям: заточать их в тюрьмы, ссылать, бить говяжьими жилами, отрезать уши, носы, вырезать языки, отсекать руки. Мучения и казни совершались в различных частях Русского государства. Были замучены инок Авраамий (1672), боярыня Морозова, княгиня Евдокия Урусова, Мария Данилова (1675). В 1668 г. началась осада царскими войсками главной святыни Русского Севера – Соловецкого монастыря, закончившаяся в 1676 г. его взятием и жестокой расправой над непокорными монахами (противостояние Соловецкого монастыря церковным и светским властям продолжалось с 1658 по 1676 г.). Другие вожди староверия: протопопы Аввáкум и Лазарь, дьякон Федор, инок Епифаний – были сосланы в далекий Пустозерск, находившийся за Полярным кругом, и там впоследствии сожжены.