Кеплер придерживался редкой в то время среди астрологов точки зрения, что планетные влияния непосредственно не влияют на человека и не формируют его судьбу, они лишь соответствуют «вибрациям» (т.е. биоритмам) организма, включая душу. В стремлении поставить астрологию на надёжную расчётную базу, без которой невозможно сколько-нибудь глубокое прогнозирование, Кеплер предпринял гигантский труд по вычислению эфемерид, опубликованных под названием «Tabulae Rudolphinae» («Рудольфинские таблицы», 1627 г.). Кеплер внёс большой вклад в разработку теории дуговых аспектов: он считал, что аспекты не следует ограничивать традиционно принятым набором аспектов (порождённых числами 2, 3, 4, 6, 12) и что аспекты, порождённые другими числами, также имеют определённое значение. Теория аспектов была использована Кеплером в «Гармонии мира» при выводе третьего закона движения планет.
Кеплер также занимался Каббалой. Его другом был раввин Лев бен Бецалель, легендарный создатель Голема. Мечтой Кеплера было возрождение символической философской астрологии на пифагорейских традициях, очищение её от «звездословных суеверий», привнесённых зачастую малообразованными астрологами раннего Средневековья. Друзьям он часто писал, что жаждет отделить зёрна от плевел. Вместе с тем, в серьёзных своих работах, например, в трактате «Третейский судья», он высказывает предостережение «некоторым теологам, медикам и философам… чтобы они, справедливо отбрасывая преувеличения астрологов, не вылили бы вместе с грязной водой и ребёнка из купели». К «поточному» составлению гороскопов, к «придворной» астрологии относятся те его высказывания в письмах друзьям, которые часто цитируют противники астрологии: «Астрология эта – такая вещь, на которую не стоит тратить времени, но люди в своём безумии думают, что ею должен заниматься математик»; или: «Конечно, эта астрология – глупая дочка, но, боже мой, куда бы делась её мать, высокомудрая Астрономия, если бы у неё не было глупенькой дочки. Мир ведь гораздо глупее её, он настолько глуп, что для своей собственной пользы старая разумная мать – Астрономия через посредство глупостей дочери должна прибегать к преувеличениям и вранью».
Целью Кеплера была перестройка астрологии на основе экспериментальных исследований, и к этому он неутомимо стремился всю жизнь, составляя гороскопы и прогностики и проверяя их соответствие действительности. Наиболее известным является факт составления К. гороскопа знаменитому полководцу Валленштейну (личным астрологом которого он был в 1628-1630 гг.) и правильного прогноза о смерти полководца, сделанного по этому гороскопу. Этот прогноз был использован Шиллером в его драме «Смерть Валленштейна». Первые же астрологические прогнозы Кеплера, сделанные им в 1595 г., оказались очень удачными и принесли ему славу выдающегося астролога. Тем не менее, к современной ему предсказательной астрологии Кеплер относился очень скептически. Наиболее слабым её местом он считал произвольность систем домификации.
В биографической литературе часто встречается утверждение, что Кеплер, не веря в астрологию, порой был вынужден составлять гороскопы ради заработка. Однако эта точка зрения не объясняет того факта, что он. занимался серьёзными, сугубо астрологическими исследованиями, а также детально изучал собственный гороскоп, интерпретация которого, сделанная самим Кеплером предположительно в ноябре-декабре 1597 г., дошла до наших дней и опубликована на русском языке (О себе.// Кеплер И. О шестиугольных снежинках. – М., Наука, 1982. – С. 170-187; фрагмент в журн. «Природа». – 1980. – N1. – С. 120-128). Эти записки являются бесценным документом, позволяющим реконструировать сложный и противоречивый характер Кеплера, сочетавшего твёрдость идейных убеждений с горьким юмором, помогавшим ему в борьбе с нуждой и несчастьями. Среди чисто астрологических работ Кеплера следует упомянуть трактат «De Fundamentis Astrologiae Certioribus» (опубл. в Праге в конце 1601 г.), включающий предсказания погоды на каждый месяц 1602 г., а также последнюю из «Трёх книг о кометах» (1619), содержащую обсуждение астрологического влияния комет.
Три закона движения планет открытые Кеплером, в начале 17 века, явились обоснованием и дальнейшим развитием гелиоцентрического учения Коперника. Эти законы являются важнейшим аргументом в пользу центрального положения Солнца, положившая конец геоцентрической системе Птоломея. Солнце занимая один из фокусов эллиптической орбиты планеты, является, по Копернику источником силы движущей планеты.
Итак, в XVI в. астрология (вместе с другими оккультными науками) переживала пик популярности в Европе, и спад этой популярности наступил лишь к середине XVII в. Ряд историков считает переломной датой 1614 г. В этот год было опубликовано открытие швейцарского филолога Исаака Казобона, доказавшего, что трактаты «Герметического корпуса» создавались не ранее I в. н.э. Это открытие произвело своего рода шок и нанесло удар по авторитету оккультной традиции, которая возводила создание «Корпуса» к Гермесу Трисмегисту, современнику Моисея. Вера в единую традицию древнейших знатоков Божественной мудрости, соединявшую в одну цепь Моисея, Гермеса, Орфея, Пифагора, Платона, была решительным образом подорвана, и это означало закат герметизма и его влияния на науку.
Таким образом, данная эпоха – впервые в истории – стала предметом ожесточённых споров об истинности астрологии и прочих оккультных наук. Отметим ещё несколько причин данного явления.
Во-первых, опубликованный в 1543 г. труд Коперника «О вращениях небесных сфер», обосновывающий концепцию гелиоцентризма, нанёс большой удар по представлениям о Земле как средоточии космических влияний, и астрология, основывающаяся на геоцентрической системе, стала казаться «ненаучной».
Во-вторых, важную роль сыграло основание Ф.Бэконом (1561 – 1626) методологии опытной науки. И теперь краеугольным камнем науки стал считаться Опыт, а не Авторитет. Бэкон указывал на необходимости пересмотра положений традиционной астрологии (но не отбрасывал её вовсе!). Он считал, что астрология должна быть проверена и очищена от средневековых суеверий, и признавал, что небесные тела, помимо света и тепла, оказывают и другие влияния, изучив которые, можно будет предсказывать различные явления на Земле.
В-третьих, XVI в. был также и веком Реформации и контр-Реформации, когда католическая церковь стала особенно активно бороться с ересями. В 1545 г. на Трентском соборе предсказательная астрология была осуждена, а в конце века закрепилась окончательная тенденция к неприятию астрологии со стороны католицизма. Но в протестантской Европе данная дисциплина продолжала пользоваться большим уважением. Хотя Лютер не жаловал астрологию, другие виднейшие деятели Реформации относились к ней благосклонно (в частности, Ф.Меланхтон, автор Аугсбургского исповедания лютеранской церкви, читал курс лекций по астрологии в Виттенбергском университете, а его единомышленник, лютеранский теолог И.Камерарий осуществил первое за всю историю издание оригинального греческого текста «Тетрабиблоса» Птолемея). Поэтому достаточно закономерен тот факт, что после усиления гонений на астрологов со стороны католической церкви центр занятий астрологией переместился в страны протестантизма.
Как бы то ни было, в XVII в. астрология всё ещё играла важную роль в научных представлениях и жизни общества. Создатели новой науки никак не предполагали, что их разработки приведут к упадку астрологии. Многие выдающиеся учёные и астрологи скорее были согласны с мнением Ф.Бэкона, что астрология нуждается в новом научном подходе и может быть очищена от суеверий и обновлена. Так, к примеру, считал английский астролог, астроном и метеоролог Джошуа Чилдри (1623 – 1670). Он указывал, что путь дальнейшего развития астрологии должен заключаться в сочетании философских концепций Бэкона с коперниканской моделью солнечной системы, и отстаивал мнение о том, что астрология, основанная на гелиоцентрических позициях и аспектах планет «quod naturam» (как они есть), предпочтительнее, чем анализ планет «quod nos» (как они выглядят для нас). Чилдри также указывал на явную нехватку подтверждений астрологических корреляций со стороны физической науки.
В целом астрология к концу XVII в. исчезла из мира академической европейской науки (прежде всего, во Франции и Великобритании). Именно в это время произошло удивительное раздвоение общественного мнения, которое существует и по сей день: в то время как учёные стали отрицать научность астрологии, в самых разных слоях населения (как в простом народе, так и в аристократических кругах) астрология несмотря ни на что продолжала оставаться популярной. Особенно серьёзно относились к астрологии в различных эзотерических обществах, которые в эту эпоху переживали свой взлёт.