Противоречия между греческим и славянским населением Македонии начали проявляться еще в первой половине XIX в., с подъемом национального самосознания балканских славян; постепенно они переросли в открытые конфликты. Начало борьбы было положено еще в 1860-70-е гг. с образованием самостоятельной Болгарской церкви. По замыслу лидеров болгарского освободительного движения, который нашел поддержку со стороны российского посла в Константинополе Н. П. Игнатьева, в территорию Болгарского экзархата должны были входить большинство епархий Македонии со смешанным греко-славянским населением. После провозглашения болгарской схизмы в 1872 г. начался период борьбы за эти епархии между Константинопольской патриархией и экзархатом13. Болгарская церковь утверждалась путем получения султанских бератов – документов на право осуществлять церковную власть – болгарскими архиереями. Сан-Стефанский договор 1878 г. предусматривал создание «Великой Болгарии», включавшей в себя основную часть этих епархий. Решения Сан-Стефанского договора вызвали, однако, сильнейший протест как греков, так и европейских держав, опасавшихся создания единого сильного славянского государства на Балканах, могущего стать опорой России14.
Берлинский трактат 1878 г. перечеркнул эти проекты, и Македония осталась по-прежнему в составе Османской империи. Теперь она стала ареной борьбы славян с греками за сферы влияния. Борьба велась, прежде всего, на церковном уровне, за которым скрывалось национально-политическое противостояние: экзархисты стремились любой ценой получить церкви в селах с преобладающим славянским населением и, следовательно, рассматривать эти села как потенциально болгарские, патриархисты же старались удержать их под властью Константинополя, что предполагало их будущий переход в руки Греческого королевства. Центрами борьбы становились города – Ускюб (Скопие), Битоли, Адрианополь, Драма, Кавала и др15. Далеко не все славянские деревни спешили присоединяться к экзархии; главным церковным мотивом экзархистов было богослужение на славянском языке, остальные соображения носили национально-политический характер – избавление от экономического и морального гнета греческого духовенства, надежда на скорейшее освобождение от турецкого владычества и присоединение к Болгарскому княжеству и проч. При рассмотрении коллективных писем от жителей того или иного села с просьбами о присоединении к экзархии рубежа XIX–XX вв. производит впечатление, что все они составлены по одному шаблону Очевидно, что образцы этих прошений распространялись болгарскими агентами, а жители ставили под ними свои подписи – зачастую славянские имена оказываются написаны греческими буквами. Греки, со своей стороны, проводили не менее активную деятельность. Опираясь на греческое население городов и сел со смешанным составом жителей, они оказывали давление на сельских старейшин; не следует забывать, что до 1870-80-х гг. все начальное образование находилось в руках греческого духовенства, осуществлявшего политику эллинизации населения. На протяжении двух десятилетий Македония стала ареной партизанской войны между болгарскими и греческими вооруженными отрядами, которые терроризировали крестьян и добивались угрозами и прямым насилием перехода в Экзархию или возвращения в патриархию.