Онтология никогда не была чисто спекулятивной наукой, но опиралась также на индукцию, аналогию, эмпирические знания о мире и человеке. И все же она предпочитала умозрительный метод, стремилась возвысить натурфилософское рассуждение над конкретикой естественно-научных исследований, что привело в XIX в. к серьезному разладу между онтологией и естествознанием. Классик немецкой философии И. Кант (1724–1804) доказывал, что теоретическая онтология догматична, не способна дедуктивно выводить истины о бытии, а метафизика (высказывания о «вещах-в-себе») как наука невозможна.
Философы-позитивисты усилили критику онтологии, утверждая, что мы можем знать только собственные чувственные данные, содержание нашего сознания, но не мир как иерархию объективных форм существования, порождаемую Абсолютом, Богом. Если онтология и возможна, то исключительно как рассуждения о субъективном существовании, идеальном бытии сознания человека; метафизические суждения же о сверхчувственном бытии якобы бессмысленны. Пересмотру предмета классической онтологии способствовал атеистический нигилизм, который в центр бытия вместо Бога поставил человека, заменил учение об абсолютной реальности философской антропологией и социальной философией. Интерес к традиционной онтологии стал заметно снижаться. Современное естествознание подчас тщетно пытается подменить философскую онтологию такими общенаучными конструкциями, как «научное мировоззрение», «научная картина мира», «ядро научной парадигмы или исследовательской программы» и др.
Несмотря на упорное стремление неокантианцев и неопозитивистов привить широкой публике недоверие и неприязнь к спекулятивным и непрактичным теориям бытия и перекроить на антиметафизический лад классическую онтологию, последняя в конечном итоге брала и всегда будет брать интеллектуальный верх по той простой причине, что практический разум ее критиков, приземленный и часто разрушительный, не способен конкурировать с нею на равных и создавать впечатляющие модели человеческого мироотношения.