Важнейшим структурным компонентом онтологии (как синонима метафизики) является система ее категорий. Философская категория – универсальное понятие, которым обозначают ту или иную фундаментальную грань природного и (или) социального бытия и которое также служит «ступенькой» познания этой грани универсума. Традиционные философские категории, вероятно, унаследованы из архаики мифов и древних религиозных учений. Категории суть «символические основы», не выводимые ниоткуда, кроме себя (А. Я. Гуревич). Прошлые и современные философы включают в ряд базовых понятий онтологии, прежде всего, категории бытия и небытия, сущности и существования, реальности и действительности.
Бытие является предельно общим и отправным понятием, пожалуй, во всех прошлых и нынешних системах онтологических категорий. Бытие есть таинство. Вопрос о нем именуется «бородой Платона», которая затупляет «бритву Оккама» – все дело в спутанности бороды-вопроса (У. Куайн). Одни философы видят в понятии бытия ключ к миру реальных сущностей и явлений, а другие считают это понятие совершенно пустым – фикцией, лингвистическим недоразумением. Разновидности бытия обозначаются в онтологии категориями духа, души, сознания, материи. Первая книга в Пятикнижии Моисея (в Торе и Библии) названа Бытие. В ней излагаются представления древних евреев о создании Вселенной, Земли и человечества, а также описывается древнейшая история евреев. Многообразны значения понятия бытия в философии религии и теологии.
М. Хайдеггер (1889–1976), немецкий философ-экзистенциалист, различал понятия онтическое и онтологическое. Онтический – относящийся к порядку сущего, к предметно-чувственному миру, и в особенности к человеческому бытию (Dasein), а онтологический – относящийся к порядку бытия (Sein). Бытие есть, согласно Хайдеггеру, условие возможности сущего, предельная смысловая потенция всякого вопрошания.