1 мая 1897 года Вивекананда основал Миссию Рамакришны с обителями в Белуре и Альморе и с помощью своих учеников издал ряд газет. Вскоре Миссия Рамакришны развернула широкую общественную, в том числе благотворительную, деятельность, учредив ряд школ и больниц. В 1898–1899 годах ее сотрудники активно боролись с эпидемиями холеры и чумы.
Оценивая деятельность Вивекананды в тот период, В. С. Костюченко писал: «И все же самым важным, самым весомым в большой исторической перспективе были не организационные начинания Вивекананды (…), а его многочисленные выступления, в которых он резко осуждал систему кастовых привилегий, отстаивал необходимость всеобщего образования, призывал к прекращению религиозной розни, к национальному единству, к широкому участию масс в общественной жизни, к гражданскому мужеству и, если необходимо, самопожертвованию.
Вивекананда более, чем кто-либо иной, в эти годы способствовал тому преобразованию традиционного религиозного идеала, которое так ярко проявилось в начале XX века в колоритных фигурах ряда радикальных политических деятелей Индии – мужественных политических борцов, выступавших в то же время со всеми атрибутами религиозных подвижников»5.
Интенсивная общественная деятельность Вивекананды, требовавшая неимоверного напряжения сил, надорвала его здоровье. В 1899 году он совершил поездку на Запад, где намеревался не только выступать с лекциями, но и поправить здоровье. Во время этой поездки он вновь побывал в Англии, США, а также в ряде стран Европы, выступил на конгрессе религий в Париже. В декабре 1900 года он вернулся на родину и с тех пор почти безвыездно жил в Белуре. Его здоровье все больше ухудшалось. Он предсказал, что не доживет до сорока лет, и это предсказание осуществилось: 4 июля 1902 года в возрасте тридцати девяти лет Вивекананда ушел из жизни. О своей близкой смерти он стал оповещать учеников за два месяца до нее. За три дня до конца он показал им место в монастырском саду, где надлежало предать кремации его тело.