Проблема заключалась ещё и в том, что с самого начала крещения Руси, а уж тем более после Раскола 1054 г., византийцы постоянно внушали славянам, что христиане западного обряда являются отступниками от истинной веры. Уже в Повести временных лет мы находим предостережение Нестора Летописца: «Не принимай учения от латинян – учение их искажённое». Славяне за несколько столетий основательно поверили внушениям греков и теперь с неподдельным недоумением взирали на то, как их учителя и наставники «продают» свою веру латинянам ради земных выгод и преференций. После Флорентийской унии раскол между Русской церковью и гибнущей Византией был неизбежен.
В 1441 г. князь Василий II пишет Константинопольскому патриарху письмо, в котором сообщает, что митрополит Исидор, принявший участие в заключении унии с латинянами, был низложен собором русских церковных иерархов. В письме князь особо подчёркивает, что Русская церковь по-прежнему придерживается православного исповедания, которое она приняла от греков. Василий II просит патриарха о том, чтобы впредь глава Русской церкви избирался не в Константинополе, а из русских предстоятелей на месте. При этом князь выражает желание сохранить каноническую связь с Константинополем.
Эпохальным событием для Русской церкви стал Московский собор 1448 г., на котором в митрополиты был возведён русский иерарх Иона. Константинополь в этом соборе никакого участия не принимал и самостоятельности Русской церкви в деле избрания митрополита не признал.
Как известно, в мае 1453 г. турки захватили Константинополь и Византийская империя прекратила своё существование. Находясь в порабощённом положении, Константинопольские патриархи уже не могли диктовать Московскому княжеству свои условия в той мере, в какой они это делали ранее. С этого момента Русская церковь всё более и более приобретает черты самостоятельной религиозной организации.