Из старинной житийной литературы известно, что государственная власть учиняла расправы над стригольниками. Церковная же власть казней не устраивала, пытаясь вернуть последователей стригольничества в церковь через просветительскую деятельность, и отлучала от церкви тех священников и мирян, которые симпатизировали стригольникам. После первой половины XV в. стригольники уже не упоминаются ни в посланиях, ни в летописях.
Следует отметить, что многие митрополиты в период монгольского нашествия всеми силами пытались сохранить Русскую церковь. Задача была сложной, так как, с одной стороны, им приходилось вступать в переговоры с ханами-захватчиками, которые порой были беспощадны к христианской культуре и христианским святыням, с другой же стороны, необходимо было вести диалог с враждующими между собой русскими князьями, нередко прибегавшими к манипуляциям церковью, втягивая её в свои политические интриги.
Особую популярность на Руси в XIV в. приобретает монашество. Популярным и привлекательным для людей из разных слоёв общества оно становится со времени жизни Сергия Радонежского – выдающегося русского святого. В эту эпоху во многих монастырях активно развивается то, что мы теперь можем назвать социальным служением. Монастырские обители в голодные годы устраивают у себя раздачу еды, помогая неимущим крестьянам, также иноки стараются обеспечить крестьян зерном для посева, в ряде монастырей организуются школы и больницы.
В административном положении Русская церковь, как уже было сказано, долгое время оставалась зависимой от Византии. Фактически все митрополиты Руси до периода монгольского пленения присылались из Константинополя – столицы Византийской империи. Русские князья считали, что, где митрополит, там и столица. Поэтому с разорением Киева монголо-татарами и относительно стабильной ситуацией во Владимиро-Суздальском княжестве резиденцией митрополита становится Владимир (в 1299 г.), а с возвышением московских князей – Москва (1328 г.). Самостоятельность же Русская церковь приобретает лишь тогда, когда Византия в XV в. прекращает своё существование.