Как раньше и позже при всех слабых восточных государях, постоянные несогласия между гражданским и военным сословием возбуждались денежным вопросом. «Визирь, – так гласит летопись, – дурно обращался с войсками и уменьшил им жалованье; он не постыдился даже коснуться доходов эмиров». В глазах эмиров последнее было непростительным преступлением, поэтому, когда в 492 (1099) г. младший брат Баркиярока Мухаммед восстал в своем наместничестве Азербайджане, то эмиры не только покинули своего повелителя, но даже убили визиря, разрешили солдатам ограбить палатки султана, его матери и других приближенных и потом как ни в чем не бывало перешли на сторону Мухаммеда. Пока Мухаммед осаждал Рей и там приказал задушить мать своего брата, разлученную с сыном, Баркиярок должен был бежать в Хузистан, где очутился в самом плачевном положении, между тем как багдадский халиф, получив известие о легкой победе Мухаммеда, разумеется, тотчас же приказал молиться за последнего.
Печальная история Баркиярока дает нам живое представление о полном разъединении сельджукского царства начиная с того момента, когда оно перестает чувствовать над собой руку сильного властителя.
Баркиярок назначил своим наследником своего четырехлетнего сына Мелик-шаха II, и едва атабег его, Аяз, успел выхлопотать для него в Багдаде благословение халифа, как туда же явился Мухаммед с целью оспаривать это благословение. Войска оказались ненадежными, и Аязу пришлось уступить; в благодарность за это Мухаммед велел коварно умертвить его. Нам неизвестно, что сталось с маленьким Мелик-шахом; как бы то ни было, Мухаммед был тотчас же единодушно признан султаном, так как ни один член верховной семьи не был в состоянии оспаривать его притязаний.