Тогда, согласно Анаксагору, движущая сила должна быть понята как дух (νοις [нойс]), а именно как дух, который сам по себе, ни с чем не смешивается, все имеет в своей власти, все познает, прошлое, настоящее и будущее, и все упорядочивает прекрасно и превосходно. О том, что «нус» телесен, во фрагментах сочинений Анаксагора, правда, прямо не говорится, но само его описание, даже если встречается выражение, что это самое прекрасное и чистое из всего сущего, не вызывает сомнений, что он так считал. Более того, только понимая его в этом смысле, можно объяснить, почему он считал необходимым полностью отрицать жизнь и деятельность у субстанций, проявляющихся в органах чувств, и противопоставлять им мыслящее существо, которое движет ими и собой, и что древние, начиная с Платона, также приписывали ему признание нетленности духа. Считал ли он, что материя имеет совершенно самостоятельное бытие по отношению к духу, равно как и дух по отношению к материи, и что нет ничего, что содержало бы в себе и то и другое, нет общего корня их бытия, или же он полагал, что с дуализмом духа и материи можно связать идею единого существа, являющегося первоначалом всего, – остается неясным. Взгляд Анаксагора на природу души индивидуального существа напрямую связан с различением материи и божественного духа, образующего из нее мир.
По его мнению, души отдельных существ, к которым он вместе с Эмпедоклом причислял и растения, находятся в том же отношении к Нусу, в каком, по мнению Анаксимена, Гераклита и Эмпедокла, они находятся к одновременно телесному и духовному первосуществу: они являются частями Нуса, подобно тому как тела являются частями вещества. «Во всем, – говорил он, – есть часть всего, кроме духа; в некоторых вещах (а именно в органическом бытии) есть и дух». Различия в степени духовной жизни существ он объяснял тем, что с телом одного существа связано больше божественного духа, чем с телом другого. Однако при этом он предполагал и развитие способностей душ, которое не сводится к увеличению количества духа, а также изначальные различия в способах деятельности душ, не зависящие от его количества. На это указывает и утверждение Аристотеля о том, что человек является самым разумным из всех живых существ, поскольку у него есть руки.