В отличие от России, в Османской империи немусульманские миллеты пользовались правом самостоятельного избрания главы национальной церкви. Российской особенностью являлся и институт указов на должности духовных лиц. Новым моментом была и централизация под руководством главы миллета, тогда как ранее ахуны выполняли функцию глав духовенства либо в крупных городах, либо для территориальных единиц – даруг. Само существование ОМДС, его деятельность, направленная на централизацию и контроль над кадровым составом духовенства, долго вызывали сопротивление у части общества, что получило отражение в движениях абызов и ваисовцев. Идея использования ОМДС для нужд миллета концептуально была разработана только Марджани в 1860-е гг. в его попытке превратить муфтия из чиновника в духовного лидера мусульманской общины.
Система миллетов являлась основной формой существования немусульманских конфессиональных общин в рамках мусульманских государств. Она была сформирована еще в X в. и регулировалась нормами шариатского права. По ней мусульманский правитель обладал всей полнотой власти над территорией страны, ее военной организацией и налоговой системой. Одновременно халиф являлся главой мусульманской общины – уммы. Немусульманские монотеистические общины образовывали миллеты и имели право самостоятельно выбирать своего главу, который затем утверждался халифом. В функции патриарха входили вопросы внутрицерковной жизни, образование детей, вопросы церковного права. Патриарх считался единственным законным представителем миллета перед органами власти. Миллет обладал недвижимым имуществом, включающим в себя храмы, образовательные и благотворительные учреждения. За немусульманскими общинами признавался такой вид собственности, как вакфы. Халиф выступал гарантом стабильности системы миллетов75. В итоге если за соблюдением мусульманского правоверия наблюдали правители, сочетавшие в себе церковную и светскую власть и соответствующие права на наказание, то среди немусульман лидеры общин обладали только правами церковного наказания.