Наибольшей популярностью пользуется книга о. Иоанна «Опыт построения исповеди». Это цикл бесед о заповедях Декалога и заповедях Блаженств. Первоначально эти беседы о. Иоанн проводил с паломниками перед исповедью; затем он систематизировал свои записи; на их основе и была создана эта книга. Книга «Опыт построения исповеди» переиздается практически ежегодно.
Сочинение «Размышления о бессмертной душе» можно назвать компилятивным. Занимаясь этим вопросом, о. Иоанн изучал святоотеческие творения, а также труды авторов нового времени: архиепископа Никона (Рождественского), митрополита Вениамина (Федченкова) и митрополита Николая (Ярушевича). На основании всего изученного, о. Иоанн повествует о бессмертии души, о спасении и о смысле христианской жизни.
В настоящее время также изданы несколько сборников проповедей о. Иоанна. В них входят проповеди на двунадесятые праздники, великопостные проповеди, проповеди на богородичные праздники, проповеди пасхального цикла, рождественские проповеди, проповеди на праздники Псково-Печерской обители, а также проповеди, произнесенные в праздники различных святых.
По кончине о. Иоанна братия Псково-Печерского монастыря приложила большие усилия, чтобы собрать письма о. Иоанна разных лет. Духовные чада о. Иоанна, а также многие из тех, кому он в свое время помог советом, пошли навстречу Псково-Печерской братии. В результате появилось собрание писем о. Иоанна. Эта книга пользуется большой популярностью – она выдержала уже несколько переизданий.
Еще одним собранием писем можно считать книгу поздравлений – эти открытки с поздравлениями и краткими духовными советами о. Иоанн посылал их друзьям и духовным чадам к Пасхе и Рождеству. Они также были собраны Псково-Печерской братией уже по кончине о. Иоанна.
«Настольная книга для монашествующих и мирян» была составлена о. Иоанном из отрывков различных аскетических творений.
Все эти сочинения объединяет главная мысль – насущная необходимость христианина быть верным Христу и Его заповедям, невзирая на соблазны падшего мира. По мысли о. Иоанна – это «единое на потребу» и ведет человека ко спасению.