Это стало причиной забастовки студентов Московского университета, которые массово перестали ходить на занятия. Флоренский был одним из немногих, кто продолжал посещать лекции, часто оказываясь единственным слушателем в аудитории.
Вскоре преподаватели университета письменно обратились к студентам с призывом прекратить забастовку, одуматься, осознать, что их провоцируют те же политические смутьяны, что выводят на улицы заводских рабочих: «Университет становится злосчастной отдушиной, через которую люди всех рангов и сословий стараются пропустить своё недовольство; будет ли то недовольство политическое, экономическое, социальное».
На это обращение последовал ответ «старших студентов», упрекавших преподавателей, в том, что в тяжёлые времена они протягивают своим «детям» вместо хлеба камень, вместо рыбы змею. С бескомпромиссным напором студенты говорили о слепоте наставников, не видящих, что власть стремится вбить клин между учениками и учителями и установить в храме науки полицейские законы.
Обеспокоенные сложившейся в Москве обстановкой, родители Флоренского умоляют сына в случае серьёзной опасности вернуться домой. Отец даже предлагает продолжить учёбу за границей, на что Флоренский решительно отвечает: «Уезжать теперь из Москвы мне нельзя; надо будет как-нибудь действовать, а не удирать».
Друг Александр Ельчанинов, студент Петербургского университета, где волнения в эту пору имели более страшные последствия – пролилась кровь, несколько человек погибло, эмоционально просит Флоренского унимать однокурсников, по возможности гасить недовольство, не вставать на сторону забастовщиков. «Это даже преступно увлекать на демонстрации несмышленую толпу юношей и девушек, думающих, что у нас с этого года начинается революция; у нас, по крайней мере, очень распространены прокламации такого рода, губящие молодёжь, не знакомую ни с историей, ни с положением страны, в которой они думают устроить революцию», – негодует в письме Ельчанинов.
Но за несколько дней до послания друга Флоренский написал заявление на имя ректора университета:
Его Превосходительству г-ну Ректору Московского