Флоренский дважды подавал прошение о зачислении на имя ректора Санкт-Петербургского университета, но всё оказалось безрезультатно. Дело в том, что Российская империя была поделена на учебные округа, каждый из которых включал в себя несколько соседствующих губерний. Главными преимуществами при поступлении в университет без экзаменов обладали те, кто имел золотую медаль и окончил гимназию того же округа, к которому относился университет. В ином случае предстояло выдержать конкурс на оставшиеся места. В этом конкурсе Флоренскому, чья Вторая Тифлисская гимназия относилась к Кавказскому округу, не помогли ни отличный аттестат, ни золотая медаль, ни положительная характеристика Гехтмана. В итоге Флоренский забирает документы из Петербургского университета и успевает подать их на физико-математический факультет Московского университета, куда был принят.
Москва станет для Флоренского тем самым городом, куда так звал таинственный голос, окажется местом встречи с философами, поэтами, преподавателями, старцами, которые определят его миросозерцание, научный и духовный путь. Именно патриархальная «старая столица» взрастит во Флоренском большого патриота, поборника всего традиционного, коренного, своего. Он осознает в полной мере, как много в Москве «для сердца русского слилось».
Но в первые недели учёбы во Флоренском, видимо, жила тоска, оттого что не удалось поступить в Петербург. Он пишет отцу, что не доволен набором изучаемых дисциплин, преподаванием физики и что в целом «можно было ожидать от Московского университета гораздо большего». Отец отвечает, что прошло не так много времени, что впереди наверняка ещё будут интересные преподаватели и не нужно торопиться делать выводы. Студенческая жизнь, утешает отец, не ограничивается университетскими аудиториями: это и общение с сокурсниками, и вхождение в различные интеллектуальные круги, и посещение галерей и музеев. Петербург, по мнению отца, равнодушный, «бумажный» город, а Москва «отзывчива», всегда найдёт дело талантливому человеку.