Из каждого события он пытался извлечь научное знание. Так, например, новыми открытиями была полна поездка Флоренского с тётушками и двоюродным братом в Германию в 1897 году. Удалось посетить Дрезден, Лейпциг, Бонн, Кёльн. Особый восторг Павла вызвали магазин физических приборов в Дрездене и музей автоматических устройств в Кёльне. Флоренский воспринял всё увиденное как тайнодействие, как разгаданные человеческим разумом загадки природы. Но и за границей в сознание Флоренского вторгается нечто большее, чем физика и механика, – величественный Кёльнский собор. В письмах родителям он восхищается его архитектурой и витражами, но то был не только восторг от внешнего облика: явила себя «сказка».
Подростком он уже публиковал статьи по физике и астрономии в авторитетных научных изданиях. Казалось, был взят очень мощный старт и предстоит набирать и набирать обороты, копить и систематизировать сведения, приходить к новым выводам. Но ощущение познавательного тупика нарастало во Флоренском всё сильнее. Физика виделась ему способной лишь репродуцировать уже имеющиеся сведения, производить подсчёты, наблюдать за давно обнаруженным. Возникла разобщённость научности и человечности. Воцарилась теория ради теории. Из науки ушла жизнь, исчезло главенство жизненного опыта. Флоренский же стремился к натурфилософии, к тому, что впоследствии, определяя свою научную систему, он назовёт «конкретной метафизикой», при которой «отдельные формулировки не могут обособляться от конкретного материала».
Сухой рационализм, царивший в науке в конце XIX века, стал для Флоренского бессмысленным. Ты идёшь этим рациональным путём, а истина ускользает. Все здания на этом пути, что строились столько столетий, что так долго представлялись прочными, оказались картонными, рухнули от одного прикосновения жизни, и истина поселилась в каких-то иных сферах.