В конце XVII в. наиболее известным схоластом в Вильно прослыл В. Тылковский (ок. 1624–1695). Как иезуитский писатель он был популярен не только в Речи Посполитой. Некоторые из его сочинений переиздавались на латинском языке и в переводах в Париже, Вене, Аугсбурге и других городах. Крупнейшее сочинение В. Тылковского – девятитомная «Занимательная философия» – систематизированное изложение учения Аристотеля в истолковании Фомы Аквинского. Большую популярность имела его книга на польском языке «Научные беседы, содержащие в себе почти всю философию».
Среди преподавателей средневековой схоластики выделялся профессор Виленского университета М. Смиглецкий. Его основная работа «Логика», написанная на латинском языке, пользовалась спросом в учебных заведениях Франции и Англии. По принципиальному для схоластической философии вопросу об универсалиях М. Смиглецкий придерживался позиции реализма. Наряду со схоластическим реализмом в Виленской академии получил распространение и умеренный номинализм. Его сторонниками были И. Кимбарас, Г. Станиславский, С. Крюгер, К. Вежбицкий.
Заметным событием этой эпохи стало судебное разбирательство и казнь атеиста Казимира Лыщинского (1634–1689). Дворянин по происхождению, он получил начальное образование в Бресте, затем в Виленской академии, стал преподавателем в одной из иезуитских школ. В дальнейшем он отрекся от духовного сана, вернулся в имение Лыщицы Брестского повета, женился и посвятил себя педагогической, общественной и научной деятельности. В своем имении открыл школу и сам преподавал в ней. Подосланный к К. Лыщинскому провокатор в 1687 г. выкрал часть его трактата «О несуществовании Бога» и переслал виленскому епископу. К. Лыщинского арестовали, судили, обезглавили и сожгли на костре вместе с рукописью. Трактат К. Лыщинского, написанный на латинском языке и содержавший 265 листов, до нас не дошел, но о его содержании можно судить по материалам судебного разбирательства. В трактате говорилось, что «люди… – творцы и создатели богов, и Бог является не действительной сущностью, а творением разума и к тому же химерическим; поэтому Бог и химера – одно и то же». Нематериального начала мира не существует. К. Лыщинский не верил в воскресение из мертвых и Страшный Суд. Он утверждал, что «вера в Бога введена безбожниками».