Поскольку опытный эмпиризм является прямым следствием механического мировосприятия, критика Пирогова неизбежно переливается в критику механической картины мироздания. При этом наиболее резкие суждения ученого посвящены анализу атоминистической теории Ньютона. По его мнению, раздробление мира на атомы, некие последние крупинки, есть недоброкачественная фантазия, приводящая к безвыходным противоречиям. «Мой умственный анализ, – отмечает Пирогов, – приходит к необходимости принять вне атомов нечто проницаемое и все и всюду проникающее, неделимое, бесформенное…» «Мой слабый ум, – иронизирует ученый, – произведя анализ вещества, разлагая его на атомы, никак не может на них остановиться и незаметно переходит от них, в конце концов, к чему-то другому, имеющему все отрицательные свойства материи»27.
Столь же неясным и неоправданным Пирогову представляется лежащее в основе фундаментальной науки допущение, что слепая внешняя причинность управляет всей мировой жизнью. Ученый не разделяет устранение целевой причины из естествознания. Обращаясь к внешнему миру, он устанавливает, что основные проявления сознания – мышление и творчество – обнаруживаются и во всей мировой жизни. При исследовании отвлеченного понятия в мировой жизни мы не в силах сладить с громоздким веществом, которым она располагает для своих проявлений. Одно только неоспоримо для каждого беспристрастного наблюдателя, – утверждает Пирогов, – это целесообразность, план и мысль во всяком проявлении мировой жизни. И в меня невольно вселяется убеждение, что мозг мой и весь я сам есть только орган мысли мировой жизни, как картины, статуи, здания суть органы и хранилища мысли художника. Для вещественного проявления мировой мысли и понадобился прибор, составленный по определенному плану, – это мой организм». По мнению Пирогова, на первый взгляд, эмпирическое определение жизни довольно верно: по этому определению, жизнь сводится к собранию отправлений, противодействующих смерти. И действительно, в живом организме, как и во всем живом мире, все отправления, все функции направлены к тому, чтобы сохранить бытие и противодействовать разрушению; ошибка этого определения, согласно Пирогову, только в том, что не отправления организма сами по себе стремятся и более или менее достигают этой цели, а другое руководящее ими начало, осмысленное, то есть стремящееся к цели и делающее все функции организма целесообразными, заключает в себе силу жизни. «Все механические действия органических снарядов и приборов, все химические процессы, весь процесс развития в организме – все целесообразно, везде мысль, план и стремление осуществить, cохранить, поддержать бытие»28.