Потенциальное соперничество не вредит их дружбе. Когда Йонатан убеждается, что Давид станет лучшим царем, чем он сам, это лишь подогревает его желание быть в будущем главным помощником своему другу: «Ты будешь царствовать над Израилем, а я буду вторым после тебя» (Шмуэль I, 23:17).
Йонатан дорого платит за эту дружбу: она отдаляет его от отца, Шауля, который видит в Давиде угрозу для своего трона. Шауль делает все, чтобы убить Давида, но ему постоянно мешает Йонатан, предупреждающий друга о планах отца. Шауль осуждает сына: «Разве не знаю я, что ты предпочел (Давида)… на позор себе и на позор наготы матери своей» (Шмуэль I, 20:30). Однажды он даже метнул в сына копье.
Тем не менее Йонатан по-прежнему чтит своего отца и даже сопровождает его в последнем самоубийственном походе против превосходящих сил филистимлян. Возможно, Йонатан опасался, несмотря на дружбу с Давидом, лишиться места у престола Давида; наследнику не просто стать даже важнейшим из сановников. Все это, конечно, лишь предположения: мы не знаем, о чем думал Йонатан во время своей последней битвы, в которой он и погибает вместе с отцом и двумя младшими братьями.
Посланец, который спешит к Давиду с вестью о гибели царской семьи и хвастается, что лично помог Шаулю уйти из жизни, явно ожидал щедрой награды. Вместо этого разгневанный Давид убивает его, вскричав: «Как не побоялся ты поднять руку свою, чтобы погубить помазанника Г-спода?» (Шмуэль II, 1:14). Затем он нежно прощается с дорогим другом: «Больно мне за тебя, брат мой Йонатан, очень ты был мне дорог; любовь твоя ко мне была сильнее женской любви» (Шмуэль II, 1:26).
Этот пассаж вместе с некоторыми другими описаниями отношений Давида и Йонатана часто вызывает клеветнические домыслы об их любовной связи. Фредерик Бюхнер заметил: как «грустно, мягко говоря, жить в эпоху, когда почти повсеместно двое мужчин не могут обняться, или поплакать вместе, или признаться в любви друг другу без того, чтобы не вызвать подозрение в плотской связи».