На шестой день кончины князя (5 июля), когда бунт и смятения в Боголюбове поутихли, игумен Феодул, духовенство и граждане владимирские, взяли гроб князя и перенесли его во Владимир. Навстречу им большими толпами шли горожане. Андрей Боголюбский был погребен в Успенском соборе.
Убийцы князя были казнены. Одни великим князем Михаилом Георгиевичем, другие великим князем Всеволодом Георгиевичем, который, как говорит предание, Кучковичей, как более виновных, приказал зашить в короба и, засмолив, бросить в реку. В семи верстах на юго-запад от Владимира, в бору, есть Пловучее озеро. По местному преданию, тут и были утоплены Кучковичи.
С кончиной князя Андрея Боголюбов утратил свое значение. Последующие века не оставили от его древней славы никаких следов. Память о тех далеких временах в нынешнем Боголюбове хранят постройки князя Андрея XII в., сохранившиеся до наших дней, хотя и частично перестроенные впоследствии. После татарского нашествия уцелела часть княжеского дворца, она является редчайшим памятником гражданского зодчества XII столетия. У входа в древнекняжеские сени в неприкосновенности сохранялась ниша куда, по преданию, скрылся раненный князь Андреи, где он был найден убийцами и умертвлен. К северной стене храма примыкает небольшое помещение, сообщаемое с храмом посредством окна. Помещение это связывают с моленной комнатой семьи Андрея Боголюбского.
Недалеко от входа в храм, на месте явления Богоматери Андрею Боголюбскому, находится Святой шатер на четырех столбах, покрывающий круглую чашу, из которой будто бы Андрей Боголюбский раздавал милостынь и в которой торжественно освящали воду в день св. Леонтия. Святые ворота с церковью св. апостола Андрея Первозванного в 1683 г. были перестроены.
Во второй половине XIV в. в Боголюбове монастыре принял схиму св. Суздальский епископ Иоанн, оставивший кафедру после присоединения Суздаля к московской митрополии.