В 1655 г., во время моровой язвы, монастырь был обращен в женский. По переписи 1715 г. в монастыре было пятнадцать монахинь. В 1725 г., за недостатком средств к содержанию, монастырь был упразднен, его инокини переведены в Успенский Княгинин монастырь, а прихожане – к Ильинской церкви.
В 1754 г., по распоряжению епископа Владимирского Платона, в здании бывшего монастыря была открыта духовная семинария. Богослужения в Успенской церкви стали отправлять иеромонахи-учителя. Приблизительно в то же время, рядом с Богородицкой церковью стояла теплая церковь Богоявления Господня, но когда она была уничтожена, неизвестно.
В 1776 г. в Успенскую церковь был переведен причт упраздненной Зачатьевской церкви[5], и стал служить особый священник. Но по-прежнему церковь была местом молитв воспитанников семинарии.
В XVIII в. церковь имела три престола: Успения Божией Матери, Нерукотворного Образа и свв. апостолов Петра и Павла. В 1803 г., по благословению епископа Владимирского Ксенофонта, эти приделы были упразднены, а трапеза обращена в теплую церковь св. Богоотец Иоакима и Анны. В 1855 г. были расписаны церковные стены. Почти одновременно со строительством церкви, храмоздателями или их ближайшими родственниками были пожертвованы свечи в подсвечниках, с соответствующими надписями.
В 1889 г. по распоряжению Св. Синода, церковь была полностью передана в ведомство семинарии, а настоятелем ее отныне становился ректор семинарии.
Несмотря на то, что церковь была приходской и семинарской, в народе и в XIX в. ее продолжали называть «Богородицкий монастырь».
Владимирскую семинарию окончило немало выдающихся людей. Были среди выпускников и те, кому предстояло пострадать Христа ради: священномученик Никита Делекторский, священномученик Николай Красовский, священномученик Николай Поспелов, священномученик Емилиан Гончаров, священномученик Василий Покровский, священномученик Федор Дорофеев, священномученик Александр Поспелов.
В настоящее время Владимирская духовная семинария находится в братских корпусах Богородице-Рождественского монастыря. Церковь Успения Божией Матери передана старообрядцам.