Церковь упоминалась несколько раз, но эти упоминания обрывочны и не дают представления об истории храма: в 1628 г. упоминается существующая церковь мч. Никиты в земляном городе, 1633 г. – освящение ее во имя св. вмч. Никиты, 1656 г. – освящение престола в честь Рождества Пресвятой Богородицы, 1656 г. – освящение главного престола во имя св. Иоанна Предтечи.
В документе 1761 г. говорится, что каменная церковь Ивана Предтечи с приделом св. мч. Никиты была построена в давние времени, а именуется по приделу Никитской. Вероятно, что в это время Никитская церковь, хоть и была каменная, но пришла в ветхость, и в 1762–1765 гг. была перестроена. В 1765 г. она была освящена Владимирским епископом Павлом. Престолы ее располагались в трех этажах: в нижнем теплом этаже престол во имя свв. Космы и Дамиана, в среднем этаже – во имя св. Ивана Предтечи, в верхнем этаже – во имя св. мч. Никиты.
В 1849 г. церковь дополнилась пристройками, выполненными на средства владимирского купца П.В. Козлова. Так, в нижнем этаже появились еще два придела: правый свв. апостолов Петра и Павла, левый св. мч. Никиты (одноименный престол верхнего этажа был упразднен). Пристройки делали неудобными и нижнюю и верхнюю церкви, поэтому в 1869 г. владимирским купцом Н.Л. Философовым были перестроены. А в 1887 г., на средства прихожанина П.А. Козлова, в верхнем этаже был устроен придел во имя Рождества Пресвятой Богородицы. После всех этих перестроек церковь получила вид креста.
При храме выросла высокая колокольня, у подножия креста которой был прикреплен вращающийся Ангел.
В настоящее время в здании храма размещаются реставрационные мастерские.
Сергиевская (красная) церковь. Церковь находилась в восточной стороне Владимира, в «ветчаном городе». Упоминается в XVII в., тогда при ней была теплая церковь Трех святителей. В начале XVIII в. церковь принадлежала женскому монастырю, в котором в 1715 г. числилось десять монахинь.