В 1900 г. настоятелю Валуйского монастыря архимандриту Игнатию исполнилось семьдесят семь лет. Все труднее ему становилось управлять монастырем, и епархиальное начальство назначило иеромонаха Игнатия помощником настоятеля.
В 1910 г. вследствие ухудшения здоровья иеромонах Игнатий был отпущен в путешествие по святым местам Кавказа. Он побывал на Новом Афоне, в Сухум-Кале, в Команах, в Новороссийске и Краснодаре. 3 февраля 1912 г. скончался архимандрит Игнатий, и иеромонах Игнатий был избран братией настоятелем Валуйского монастыря. Епархиальное начальство утвердило этот выбор, и 19 апреля 1912 г. он был возведен в сан игумена, а впоследствии – архимандрита. Обязанности настоятеля были хорошо знакомы, Игнатий выполнял их в течение двенадцати лет как помощник.
Около того же времени в Валуйском монастыре послушничал Михаил Федорович Хухрянский, крестьянин Бобровского уезда Воронежской губернии. В 1914 г. Михаил Федорович был призван в армию, после войны принял монашеский постриг с именем Мельхиседек. Впоследствии он примет мученический венец и будет прославлен Русской Православной Церковью.
Во время Первой мировой войны, когда многие мужчины из окружавших монастырь селений ушли на фронт, отец Игнатий предложил взять на монастырское обеспечение их семьи. Монастырь регулярно снабжал их одеждой, обувью, продуктами и деньгами во все время войны. Братские корпуса приняли и первых раненных. Монастырь полностью обеспечивал им трапезу.
После отречения императора от престола и образования временного правительства, в монастыре был произведен обыск, а настоятель арестован. Под арестом архимандрита Игнатия продержали неделю, но поскольку ничего подозрительного в монастыре не обнаружили, он был отпущен на свободу.