Объединение княжеств в единое и сильное государство – Московскую Русь, произошло в правление Ивана III (1440–1505), когда под руку великого князя перешли все уделы. Венчания на царства стали совершаться в московском Успенском соборе, а официальной идеологией стало принятие Москвы как «Третьего Рима» – наследника Рима и Константинополя.
В конце XV – середине XVI вв. в церковно-общественных кругах возникают два противоборствующих течения: иосифлян, возглавляемых прп. Иосифом Волоцким и поддерживавших интересы крупного монастырского землевладения, и нестяжателей, последователей св. старца Нила Сорского, выступавших против «стяжания» церковью имущества.
Краткий, но мрачный период «Смутного времени» (1598–1613) характерен борьбой боярских родов за власть, неурожаями и голодом. Гибель в Угличе сына Ивана Грозного, юного Дмитрия, спровоцировала появление самозванцев. При поддержке польского короля Сигизмунда, Москву занял Лже-Дмитрий I (Григорий Отрепьев), а после его гибели объявился Лже-Дмитрий II (Тушинский вор). С 23 сентября 1608 г. по 12 января 1610 г. продолжается легендарная осада Троице-Сергиева монастыря. Однако после отступления поляков умирает верный полководец царя Василия Шуйского Михаил Скопин-Шуйский. Заговорщики смещают царя с престола, а Москва присягает польскому королевичу Владиславу.
Бесчинства польско-литовских шаек подняли широкое национально-освободительное движение. Но первая попытка – всенародное ополчение, под предводительством Прокопия Ляпунова, окончилось неудачей. Победоносным стало второе ополчение 1612 г., возглавляемое князем Д.М. Пожарским и нижегородским земским старостой Кузьмой Мининым. После изгнания поляков, на царство был всенародно избран отпрыск боярского рода Романовых – Михаил Федорович.