Многие, духовно окрепшие в Борисовской обители, старицы поставлялись игумениями других монастырей. Так, Досифея (Веревкина) была назначена в Тверской девичий монастырь (оттуда, по прошению Казанского архиепископа Григория переведена настоятельницею в Казанский девичий монастырь), монахиня Ироида – в монастырь Земли Войска Донского, монахиня Емилия (Степанова) основала и возглавила Харьковский Николаевский монастырь, Рафаила (Черемисова) была назначена в Белгородский монастырь (на этом посту ее сменила Борисовская старица Людмила (Мясоедова)), монахини Алевтина (Недельская) и София Ступина отправились в Курский девичий монастырь, где обе были игумениями.
В 1895 г. на должность настоятельницы Борисовской пустыни была назначена 66-летняя игумения Нижегородской обители Дорофея. За шесть с половиной лет своего начальства, она сумела произвести ремонт в ветхих теплом и холодном храмах, вызолотила иконостасы.
Игуменью Дорофею сменила Лариса, сирота вольноотпущенных графа Шереметева, жившая в Борисовской обители с семи лет, проведшая всего в обители семьдесят лет. Игуменией монастыря она избиралась дважды. В первый раз она отказалась от своего жребия по смирению и дабы не возмущать несогласие среди сестер, второй раз была избрана настоятельницей 1 января 1902 г. Обителью мать Лариса правила до 1908 г., когда тихо скончалась.
16 декабря 1908 г. Белгородский епископ Иоанникий возвел в сан игуменьи монахиню Серафиму. Впервые за двухсотлетнее существование Борисовской обители, эта торжественная церемония была совершена в самом монастыре и, как оказалось, стала для него последней.
В 1909 г. сестры обители стали свидетельницами грандиозного торжества. В тот год, по всей Курской губернии праздновалось двухсотлетие Полтавской битвы. 26 июня монастырский храм был полон молящимися. После литургии совершили панихиду с возглашением вечной памяти императору Петру I, его сподвижникам и всем воинам, павшим в Полтавском сражении. Вокруг храма был совершен крестный ход с чудотворной Тихвинской иконой Божией Матери.