В 1787 г. к Белгородской епархии была присоединена Курская земля и епархия стала называться Белгородская и Курская. Первым владыкой объединенной епархии стал Феоктист (Мочульский). В 1799 г. произошло разделение Белгородской епархии на Курскую и Белгородскую и СлободскоУкраинскую (позднее – Харьковскую). Согласно докладу Св. Синода от 1799 г., архиереи, занимавшие третьеклассные кафедры, должны были жить в губернском городе. Но, даже несмотря на это, уездный Белгород продолжал оставаться духовным центром Курской и Белгородской епархии, поскольку в нем почивали мощи свт. Иоасафа, почитавшегося народом задолго до его канонизации.
В 1801 г. Феоктист (Мочульский) был возведен в сан архиепископа. Являясь высокообразованным человеком, членом Санкт-Петербургской Академии Наук и почетным членом Харьковского университета, владыка особенно заботился о распространении просвещения в своей епархии. Он открывал во всех уездных городах епархиальные училища, сам составлял для них учебники, сформировывал кружки учителей. Белгородская малая духовная семинария при нем была преобразована в полную семинарию.
1911 г. стал особо знаменателен для Белгородской епархии. По инициативе императора Николая II состоялось торжественное прославление свт. Иоасафа Белгородского. Еще задолго до этого, по настойчивым просьбам жителей города и окрестных сел, не раз епархиальные власти возбуждали ходатайство перед высшей властью о причислении епископа Иоасафа к лику святых. Наконец, в 1910 г. император Николай II на докладе Св. Синода о необходимости и целесообразности канонизации епископа Белгородского и Обоянского Иоасафа наложил резолюцию: «Приемлю предположения Св. Синода с искренним умилением и полным сочувствием».