Елена Ивановна появилась на свет 12 февраля 1879 года в Санкт-Петербурге, в семье архитектора Ивана Ивановича Шапошникова (прадед которого был бургомистром города Риги и принял русское подданство по приглашению Петра Великого) и его жены Екатерины Васильевны, урожденной Голенищевой-Кутузовой, приходившейся великому полководцу М. И. Кутузову двоюродной внучкой. По линии матери прабабушкой Елены Ивановны была Ельчанинова – представительница древнего монгольского рода, ведущего начало от легендарного Чингисхана.
Маленькая Елена росла независимым и любознательным ребенком, любила природу и одиночество и предпочитала обществу сверстниц книги, которые были для нее лучшими друзьями и наставниками. «От малых лет девочка тайком уносит к себе тяжелое, огромное издание, – пишет о ее детстве Николай Константинович Рерих в очерке “Великий Облик”. – Склонясь под тяжестью непомерной ноши, она украдкою от больших уносит к себе сокровище, чтобы смотреть картины и, научась самоучкою, – уже читать. Из тех же отцовских шкафов, не по времени рано, уносятся философские сочинения, и среди шумного, казалось бы, развлекающего обихода самосоздается глубокое, словно бы давно уже законченное миросозерцание»1. К шести годам она свободно читала и писала на трех языках, а ее богатая внутренняя жизнь сопровождалась яркими видениями, пророческими снами и предчувствиями. Уже тогда в ней жило знание о существовании Светлых сил, несущих помощь человечеству, с которыми она впоследствии вступила в реальное сотрудничество. Ее главный Наставник и Учитель вел ее от детства до последних ее земных дней.