Многие города в Малой Азии вдохновила весть о разрушении Сард, и они примкнули к восстанию. Персам пришлось собрать целую армию, чтоб это восстание усмирить. У них были все шансы, но они попали в ловушку возле города Педаса. Армия была уничтожена, и персы остановили наступление, но в 494 г. до н. э. оживились снова и разорили центр восстания город Милет, предварительно разбив эллинов в морском сражении. Жители, которым удалось выжить и избежать рабства, рассеялись по миру…
Дарий мечтал покорить всю Грецию, особенно афинян, участвовавших в разрушении Сард. Ему на руку были постоянные трения между аристократией и демосом. Аристократы настолько хотели удержать власть, что готовы были подчиниться Персии. В 491 г. до н.э. Дарий отправил в Элладу послов с требованием покорности. На многих островах и на материке (например, в Фивах) персидские послы были приняты с радостью. В Афинах и Спарте их убили.
Чтоб сохранить свою национальную независимость, греки должны были объединиться и создать союз. Дарий же, как и планировал, начал с Афин, в которых ко всему прочему царило неприемлемое для персов народовластие. Он снарядил большую армию, разграбил и сжег несколько греческих городов. А после погромов на о.Эвбея, персы переправились в Аттику и остановились на Марафонской равнине в опасной близости от Афин. Афиняне мобилизовались, к ним примкнули воины беотийского города Платеи. Спарта осталась в стороне. В сентябре 490 года до н.э. греческое войско напало на превосходящее их по численности войско персов. Пораженные такой наглостью, персы оказались деморализованы и проиграли сражение, сохранив при этом численный перевес. К тому же Афины оказались полностью беззащитными, так как все воины бились у Марафона.
Персы быстро сели на корабли и стремительно бросились к Афинам. Предвидевший это греческий военачальник Мильтиад, не дав солдатам отдохнуть, совершил форсированный марш к Афинам и прибыл туда раньше персидского флота. Персы удивились еще больше. И отправились восвояси ни с чем. Геродот говорит, что в ходе военных действий погибло 192 грека и 6400 персов.