Церковно-народное собрание выработало также «Устав постоянного смешанного совета», особого административного учреждения, которого прежде в Константинопольской Церкви не существовало. Состоял смешанный совет из двенадцати членов – четырех архиереев и восьми мирян, под председательством одного из духовных членов. Выбирались члены совета сроком на два года, причем часть его должна была обновляться ежегодно. Членами совета могли быть только оттоманские подданные старше 30 лет, имеющие опыт в делах и пользующиеся уважением. Вознаграждения они не получали, а взяточничество строго преследовалось. В обязанности членов совета входило следить за исполнением завещаний и других актов, рассмотрение вопросов по наследству, наблюдение за школами, больницами и другими богоугодными заведениями и проч.
Патриарх, таким образом, лишился своей неограниченной de jure власти, которая оказалась раздробленной на две части: в церковных делах он был подчинен Синоду, в гражданских – смешанному совету. Вследствие подвижности состава Синода в нем не могло быть опытных членов. Иерархи, имевшие двухлетний опыт Синодальной деятельности, сменялись новыми, зачастую мало знакомыми с направлением центральной администрации и привносящими свои мнения и симпатии. Смена членов Синода предоставляла широкие возможности для интриг, а когда Патриарх оказывался в изоляции, он был вынужден «добровольно» отказываться от престола. Нестабильность патриаршего престола во второй половине XIX в. оставалась такой же, как и прежде. В 1860–1900 гг. престол последовательно занимали десять Патриархов. Самым значительным нововведением было образование смешанного совета, через который константинопольские миряне получили реальную возможность воздействовать на церковную политику. Полномочия совета были весьма обширными: он ведал даже тем, насколько хорошо Патриарх заботится о принадлежащих Церкви святынях и их имуществах. Узнав о проступках клириков, члены совета были обязаны доносить Патриарху и Синоду и предлагать меры воздействия на виновных. Допуск мирян в церковные дела прокладывал путь к политизации Церкви, которая попадала в зависимость от националистически настроенных греческих богачей Константинополя, тесно связанных с правительством Греческого королевства, в свою очередь, являвшегося проводником политики западных держав, в первую очередь Великобритании. Крайний греческий национализм был тем веянием, которое привнес в церковную жизнь второй половины XIX в. смешанный совет. Результатом стало обострение в церковной жизни национальных вопросов, в первую очередь вопроса болгарского.[11]