С началом Танзимата под давлением английского посла Стратфорда Редклиффа османское правительство потребовало от Патриархии реформы церковного управления. В результате, повинуясь султанскому распоряжению, в начале 1847 г. в Патриархате были выработаны 15 глав преобразований церковных дел, суть которых сводилась к привлечению мирян к церковному управлению. Теперь в состав Синода должны были входить три мирянина (великий логофет Николай Аристархис, самосский губернатор Стефан Вогоридис и Иоанн Психарис). В следующем, 1848 г., однако, эти нововведения были признаны неканоническими и упразднены.[8]
Новый этап реформ церковного строя наступил после обнародования хатт-и-хумаюна 1856 г. По словам российского посланника в Константинополе А. П. Бутенева, «сей лживый и не очень искусно составленный акт, придуманный и навязанный туркам западными державами более из ненависти к России и из опасения ее политического и церковного влияния на Востоке, чем по действительной заботливости о христианском населении в Оттоманском государстве – начало великих неурядиц в Константинопольском Патриархате».[9] С принятием хатт-и-хумаюна начинался новый натиск правительства на Патриархат с требованием церковных реформ. В апреле 1857 г. Порта отправила в Патриархат предписание немедленно приступить к намеченной султанским указом церковной реформе. Правительство потребовало учреждения церковно-народного совета с участием представителя – турецкого чиновника. Предстоящая реформа имела целью ограничить власть Патриарха, постепенно ликвидировать положение христианской общины как государства в государстве и подготовить будущее уравнивание христиан и мусульман. Непосредственным следствием этого было падение престижа Патриарха как духовного главы православных христиан и противника католического и протестантского прозелитизма на Востоке. Контроль послушной западным державам Порты над Греческой Церковью был одним из необходимых условий для ликвидации русского влияния и преобразования страны на удобных для Европы началах.