Первые самостоятельные шаги Антонина в Константинополе подверглись критике со стороны духовного ведомства. Обер-прокурор А. П. Толстой, а вслед за ним и митрополит Филарет были возмущены смелостью первого разговора Антонина с Иоакимом II и той свободой суждений, которые он себе позволял в болгарском вопросе. В частности, митрополит Филарет считал недопустимым, чтобы Антонин давал Патриарху советы касательно церковного устройства болгар и ставил ему в пример устройство Церкви Семи островов.[61] Особенно резким было мнение московского митрополита по поводу донесения Антонина от 6 марта 1861 г.[62] Совершенно справедливое возмущение вызвало у Филарета наивное предложение Антонина обсудить с Патриархом проблему симонии в Восточной Церкви. Не вызвали у митрополита сочувствия и историко-канонические рассуждения Антонина о правилах Сардикийского собора, согласно которым Римскому епископу принадлежало право верховного суда над всей Церковью. Письмо Антонина от 6 марта, критический отзыв на него Филарета и ответное послание Антонина представляют собой целое полемическое исследование по каноническому праву. «Нимало не думаю, чтобы архимандрит Антонин был наклонен к неправославию. Но так могло случиться с человеком, который получил образование не под твердым руководством, а более собственными усилиями и не очень осторожно доверяет мудрованию собственному», – такую суровую и даже в некотором смысле опасную оценку Антонину дает митрополит Филарет.
Разумеется, подобный «разнос» одного из самых содержательных донесений Антонина константинопольского периода вызвал у него обиду и тревогу. «Из Синода присланы горькие замечания мне по поводу письма моего к прокурору от 6-го марта. Отделал же мою худость неутомимый владыка Московский! – писал Антонин по этому поводу в своем дневнике 9 мая 1861 г. – Вечером уже писал ответ Св. Синоду на делаемые мне упреки в невежестве, в неуважении к духовной власти, в суемудрии, и, наконец, даже в неправославии».[63] К 16 мая пространные ответные письма были окончены и отосланы.