Новое слово в вопросе о природе Вифлеемской звезды принадлежит Иоганну Кеплеру (1571–1630), великому математику, который первым предпринял попытку найти строго научное объяснение этому феномену. В ночь на 17 декабря 1603 года Кеплер воспользовался своим примитивным телескопом для тщательных наблюдений за движениями Юпитера и Сатурна, приближавшихся к точке астрономического соединения (вскоре после этого к ним присоединился и Марс). А через год Кеплер наблюдал сверхновую звезду, вспыхнувшую в созвездии Змееносца. Эта необычная звезда сияла «как ослепительный яркий факел, раздуваемый сильным ветром, пламенеющий и искрящийся». Ученик Кеплера, Бруновский, писал о том, что эта звезда сверкала разноцветными огнями, как бриллиант. Кеплер это явление назвал безмерным чудом Божиим и занялся астрономическими исчислениями.
Их результатом явилась теория о том, что причина возникновения сверхновой – как раз редкое тройное сближение планет в созвездии Рыб и предположение, что подобное же соединение могло быть причиной вспышки той звезды, которая привела волхвов с востока в Иерусалим.
Кеплер, как известно, сам зарабатывавший составлением гороскопов, весьма уважительно относился к астрологии. Он не мог не знать, что в средневековых астрологических текстах созвездие Рыб считается небесным знаком еврейской диаспоры. Основываясь на старинном раввинском комментарии к Книге пророка Даниила, где говорилось о том, что соединение Юпитера и Сатурна в созвездии Рыб имеет особое значение для народа Израиля, он предположил, что волхвы могли быть свидетелями такого события, которое должно было произойти, по его расчетам, в 7 году до Р. Х5.