По приказу халифа, против Джафара ибн Яхьи было начато крупное криминальное расследование. Сегодня его назвали бы «процесс века». Допросы, обыски, задержания всех кто входил в его окружение, а он сам помещён за решётку, как и вся семья Бармесидов. В ходе следствия было арестовано несколько десятков человек, конфисковано имущество на огромную сумму, в том числе и имущество самого визиря. В конце концов состоялся суд, по итогам которого он был приговорён к смертной казни, а спустя ещё несколько дней обезглавлен.
Что же произошло между бывшими закадычными друзьями?!
Сегодня об этом трудно судить с достоверностью. Одни авторы полагают, что Джафар ибн Яхья пал жертвой глобального заговора, учинённого совместными усилиями духовенства и знати, которые были страшно недовольны столь сильными властно-распорядительными позициями визиря при дворе. Бармесидов обвинили в том, что они приняли ислам только внешне, а на самом деле все эти долгие годы скрывали от халифа свои истинные намерения, оставаясь верным древнему языческому культу своей семьи. У них даже обнаружили какую-то богохульную атрибутику, и конечно же такой страшной лжи Харун ар-Рашид не мог простить никому из приближённых, тем более своему «побратиму».
Другие исследователи считают, что в последние годы Джафар ибн Яхья стал вести себя уж слишком по-царски. Он позволял себе без разрешения входить в покои халифа, единолично принимал решения государственного масштаба и не по-детски своевольничал. Раздражённость правителя накапливалась и зрела от случая к случаю под беспрерывное нашёптывание «доброжелателей», пока однажды Джафар ибн Яхья не отпустил несколько заговорщиков и политических заключённых без разрешения Харуна ар-Рашида. Это была последняя капля в чашу терпения властителя и поток его царственного гнева вырвался наружу, сметая всё на своём пути.
Ещё одни авторы убеждены, что халиф не простил своему другу тайную любовную связь с его сестрой Аббасой, а сама эта история – живое воплощение шекспировского сюжета об искренней, но запретной любви двух горящих сердец, которая была обнаружена, раскрыта и трагически разрушена яростью обманутого правителя.