«Созданное вчера ныне разрушать небезвредно и более или менее стыдно. Итак, Оренбургскую кафедру лучше сохранить, как она есть. Превратить ее в викарианство почти то же, что разрушить. Несогласия также могут быть между епархиальным архипастырем и викарием, как и между двумя епархиальными архиереями, если не будут рассудительны и миролюбивы. Не надобно ломать кафедры, потому, что сидящие на них не хотят преломить своей воли добрым рассуждением» [4].
В 1865г. после разделения Оренбургской губернии на две отдельные губернии3 границы епархии окончательно определились. В ее состав входили вся территория Оренбургской губернии, включая территорию ОКВ, а также Уральская и Тургайская области. Епархиальный архиерей стал именоваться епископом Оренбургским и Уральским.
Карта Оренбургской губернии 1860 г.
Оренбургская епархия на тот момент была одной из самых больших в стране: ее площадь составляла 866549,1 кв. версты, что в разы превышало размер епархий центральных губерний России [5].
В то же время епархия имела очень низкую плотность населения. Кроме этого епархия отличалась высоким удельным весом нехристианского населения. В 1897г., например, на территории епархии 22,8% населения исповедовали ислам. Другим фактором, отличавшим Оренбургскую епархию от прочих, являлся высокий уровень старообрядчества [6].
В 1908г. территория Уральского казачьего войска перешла из Оренбургской епархии в Самарскую епархию. С этого момента епископ стал именоваться Оренбургским и Тургайским.
Наряду с изменениями внешних границ епархии в ней довольно часто происходило «перекраивание» границ благочиннических округов, что было связано с ростом числа приходов и необходимостью равномерного распределения прихожан по благочиниям.