В Йене Гегель трудился под покровительством своего друга и соперника Шеллинга. И только в 1803 году, когда Шеллинг покинул Йену, Гегель почувствовал свободу. Он сблизился с великим поэтом Гете. Начал преподавать «Систему спекулятивной философии» и разрабатывать «непостижимые понятия» [24, 193, цит. Гегеля] своей диалектики. В 1805 году Гегель стал «экстраординарным профессором» в Йенском университете, но без официальной зарплаты, а всего лишь за вознаграждение от студентов [24, 215]. Только с 1806 года, благодаря заботам Гете, он начинает получать небольшой, но стабильный доход – сто талеров в год. И в это же время оканчивает свою великую книгу «Феноменология духа», Phänomenologie des Geistes (1807). Феноменология Гегеля – это «Одиссея духа» теоретического человека. От сознания к самосознанию и к философскому разуму. Согласно Е. Аменицкой феноменология оказалась «философской автобиографией» Гегеля [2, XIII].
В это время к Йене подошли войска наступающего Наполеона – армия Ланна. Жилище Гегеля было разграблено, деньги закончились, а квартирная хозяйка и сожительница Гегеля оказалась беременной. У женщины к тому же были и свои дети. Гегель, вероятно, ее не любил и называл «матерью моего ребенка» [24, 227]. В 1807 году у Гегеля появляется внебрачный сын Луи (Людвиг), о котором Гете написал так:
Дитя, я видел, как ты идешь Доверчиво навстречу миру. И что бы ни сулило грядущее, Утешься, взгляд друга тебя благословил [24, 223].
К тому же Гегель проиграл в борьбе за преподавательское место в Йенском университете. Лекции преподавателя Фриза были признаны более понятными и легче усваиваемыми. Гегелю помог добрый друг, тоже выпускник Тюбингенской семинарии, крупный чиновник Нитхаммер. Он раздобыл для Гегеля место в Бамберге – должность редактора «Бамбергской газеты», die Bamberger Zeitung, где Гегель и работал в 1807–1808 годах [24, 241].
Однако вскоре, уже в 1808 году, Нитхаммер возвратил своего протеже к философии: он выхлопотал для Гегеля «место преподавателя „подготовительных к философии дисциплин“ и… „ректора“ Нюрнбергской гимназии (лицея)» [24, 250]. А Гегель, вероятно, в том числе в знак благодарности, написал Нитхаммеру в 1816 году: «Наша церковь – это наши школы и университеты» [24, 253].