Святитель Иаков, более всех зная высокие достоинства своего ученика, брал его с собою на Первый Вселенский Никейский Собор (325 г.), которого богомудрое изложение веры суждено было защищать Ефрему против лжеучителей. Еще около двенадцати или тринадцати лет он пользовался наставлениями своего епископа. Под его руководством упражняясь в подвигах иноческих, строгим постом и молитвами очищая дух свой, он в то же время прилежно изучал слово Божие, приготовляемый и сам Духом Божиим на чреду высокого служения Церкви в качестве учителя. Как глубоко сознавал он сию связь между жизнию христианскою и знанием слова Божия, это изобразил он в одном из своих поучений. «Природа, – говорит он, – это земля, нами возделываемая; произволение – земледелатель; а Божественные Писания – советники и учители, научающие нашего земледелателя, какие худые навыки ему искоренять и какие благие добродетели насаждать. Сколько бы ни был наш земледелатель трезвен и ревностен, однако же без учения Божественных Писаний он и не силен и не сведущ; потому что законоположение Божественных Писаний дает ему разумение и силу, а вместе, от собственных ветвей своих и благие добродетели, чтобы привить их к древу природы, веру к неверию, надежду к безнадежности, любовь к ненависти, знание к неведению, прилежание к нерадению, славу и похвалу к бесславию, бессмертие к смертности, Божество к человечеству».
Преподобный Ефрем не прежде оставил своего наставника, как тот оставил мир. Последнее благодеяние пастыря Низибийского своему городу, оказанное во время нашествия царя персидского Сапора II, памятию народною равно приписывается и ученику святителя Иакова – Ефрему. Царь персидский, услышав о кончине императора Константина (337 г.) и рассчитывая на слабость преемников его, вздумал овладеть пограничным укрепленным городом – Низибией. Около двух месяцев продолжалась осада; жители начали терять надежду сохранить город. Святитель Иаков всех воодушевлял своими молитвами и распоряжениями. А ученик его Ефрем, взяв благословение у епископа, взошел на городскую стену и молитвою своею навел на войско персидское множество насекомых. В стане персидском все пришло в беспорядок. И животные и люди не знали, чем защищаться от мучительного действия многочисленных врагов. Сапор принужден был немедленно снять осаду и без успеха возвратиться в свою землю.