В кругу иноков Ефрем всего чаще беседовал об обязанностях иноческих. Для некоторых писал и особые наставления, давал ответы на предложенные вопросы, предлагал уроки и новоначальным инокам и настоятелям. Замечая ослабление правил строгой монашеской жизни, он старался восстановить прежнюю ее чистоту. Сам стоя на высоте совершенства духовного, он желал возвести и всех туда же. Так в одной беседе, говоренной, вероятно, в первые годы его пребывания между едесскими иноками, напоминая о бедствиях, постигших страну, как то: о землетрясениях и опустошении от персов, он призывал своих слушателей к исправлению и указывал им на высокие древние образцы. «Отцы наши, – с болезнию сердечною говорил он, – как светила осияли всю землю; по причине высокого и чистого жития их самые враги сделались их подражателями… Наше же учение, оставив прямые пути, идет по стремнинам и местам негладким. Ибо нет человека, который бы ради Бога оставил имение и для вечной жизни отрекся от мира. Нет ни кротких, ни смиренных, ни безмолвных. Никто не воздерживается от оскорбления, никто не терпит злословия… Земля, приходя часто в страх от лица Господня, колеблется под нами к устрашению нашему, а мы и этого не убоялись. Города поглощены и селения опустошены гневом Божиим, а мы и того не устрашились. Воздвигнуты брани персами и варварами, и опустошили нашу страну, чтоб мы, убоясь Бога, пришли в раскаяние; но и это нас не изменило…» С тою же целию, чтоб возбудить ревность к подражанию первым пустынножителям, он не раз изображал в беседах своих правила и образ жизни «отпев скончавшихся».
Не менее озабочивала Ефрема судьба Православия в Церкви Едесской, которая, по значению города и кафедры Едесской, могла иметь влияние и на всю Месопотамию. Тогда как в других странах пали или ослабли гностические лжеучения, обуревавшие Церковь во втором столетии, в Едессе еще держалась секта Вардесана, последователя Валентинова и Маркиона; потом лжеучение Манеса, распространившееся из Персии, также оставило свои следы в Месопотамии. В четвертом веке не только угрожала ей зараза общею болезнию времени – арианством, но и возникли в самой Месопотамии и отсюда распространились по другим странам заблуждения Аудия и мессалиян.